Am găsit un răspuns pe următorul site:
http://dexonline.ro/articol/Ghid_de_exprimare_corect%C4%83
Mie mi se pare destul de logic.
"Ora unu/douăzeci și unu, deci numerale masculine pe lângă un substantiv feminin, constituie excepții, explicabile prin faptul că moștenesc forma inițială a felului cum era exprimat timpul, un ceas după miezul zilei/nopții, mai pe scurt, ceasul unu, iar prin rostire prescurtată, unu (e ceasul unu sau, simplu, e unu). Apoi, forma de masculin, deja impusă, s-a păstrat și pe lângă femininul oră: ora unu. În schimb, în cazurile ora două/douăsprezece/douăzeci și două, s-a impus forma de feminin, care este și cea de neutru plural: două ceasuri după miezul zilei/nopții, de unde ceasurile sau ceasul două, apoi ora două etc."